Translační genotypologie výrazně zrychluje výzkum rakovinné léčby za použití technologie SGI

64-bitový systém SGI Altix zvyšuje výkon genotypových sofwarových aplikací až o 50 procent při srovnání s 32-bitovými systémy

SUNNYVALE, Kalifornie - Zjišťování rozdílů a změn v genotypu, které spouští chorobu, je pro Translational Genomics Research Institute (TGen - Translační genotypový výzkumný institut) prioritou. Aby TGen podpořil neziskový výzkumný institut v jejich bádání, využívá technologii SGI, aby tak zrychlil analýzy molekulárního profilování datových souborů sloužících pro výzkum léčby rakoviny. Systém SGI® Altix® 4700, který Institut koupil v dubnu prostřednictvím grantu Národního zdravotního institutu (National Institute of Health - NIH), bude sloužit vědcům z TGen k pochopení genotypových variací - tedy procesu, který vyžaduje srovnávací prohledávání enormních datových souborů. Tyto soubory mohou být okamžitě využity k diagnostice a léčbě choroby způsobem ušitým na míru jednotlivým pacientům.

TGen si vybral systém SGI Altix 4700 s více než polovinou terabytu sdílené paměti, takže vědci z Institutu ve Phoenixu v Arizoně mohou vyhledávat napříč několika chromozomy, jež jsou všechny uloženy přímo v paměti, bez nutnosti rozložení problému na menší části, což umožňuje vědcům pozorovat celek místo skládání několika částí.

Zatímco vlastní kód pro tato rozsáhlá hledání bude teprve napsán, TGen již oznámil, že benchmarky běžely v Národním centru pro biotechnologickou informaci (NCBI) BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), algoritmus pro srovnání primární biologické sekvenční informace, ClustalW, program pro obecné užití mnohonásobného sekvenčního uspořádání pro DNA nebo proteiny. Testování prokázalo zlepšení výkonu až o 50 procent na 64-bitovém systému SGI Altix ve srovnání se stejnou 32-bitovou systémovou architekturou.

"Technologie, a mikro soubory především, umožnily, aby se bioinformatické datové soubory staly tak rozsáhlé, že je nyní nezbytné využívat 64-bitovou výpočetní infrastrukturu s velkou pamětí, abychom byli schopni manipulovat a analyzovat tak datově náročné soubory jak naši vědci vyžadují", uvedl James Lowey, ředitel pro vysoce výkonné bio výpočty, Translačního genotypového výzkumného institutu.

"Konvenční 32-bitové výpočetní architektury nemohou adresovat paměť nad 4GB. Tento limit představuje přibližně optimální analytický přístup díky neúměrně prodlouženým časům výpočetních analýz potřebných pro optimální matematické modely a výpočetní algoritmy."

Molekulární profily datových souborů, které jsou analyzovány v TGen pokrývají maligní myelom (zhoubný nádor kostní dřeně), rakovinu kůže, Alzheimrovu chorobu, autismus a slinivku břišní, prostatu, tračník a rakovinu prsu. S použitím "microarrays" nepřesáhne jednotlivý soubor 150 MB. Prohledat a srovnat genetické vzory představuje pro vědce projít stovky a stovky jednotlivých souborů. Kód společnosti TGen využije výpočetní síly globálně sdílené paměti systému SGI Altix pro běh "microarrays", při hledání variací tak detailních jako je změna jednoho proteinu a bude se snažit určit jaký efekt to má napříč celým spektrem pozorování.

"Úspěch vědců z TGen doposud znamenal obrovskou časovou ztrátu," říká Dr. Edward Suh, CIO společnosti TGen. "Avšak, jednotlivci postiženi chorobou nemají tento luxus času. 64-bitový SGI systém zoptimalizuje schopnost vědců TGen dosáhnout potřebné efektivity datových analýz, které, doufejme, povedou ke včasným a efektivním objevům jak zlepšit lidské zdraví."

Systém bude umístěn na Státní univerzitě v Arizoně (ASU) v Tempe, s provozní podporou poskytovanou univerzitní Fulton High Performance Computing Initiative (HPCI - Iniciativa vysoce výkonných výpočtů). "Schopnosti sdílené paměti nového SGI systému poskytnou Arizoně vítaný přírůstek do HPC portfolia a umožní vědcům z TGen a jejich spolupracovníkům v ASU zabývat se problémy, se kterými nebyli schopni v minulosti hnout," sdělil Dan Stanzione, ředitel Fultonova Institutu HPCI.

Společnost TGen zakoupila systém SGI prostřednictvím James River Technical, Inc., smluvního partnera SGI pro univerzitní vzdělávání a výzkum. Instalace systému SGI Altix 4700 proběhla v květnu 2007 a je vybavena 576 GB paměti a 48 jádry Intel® Itanium®.

"Jsme nadšeni z ocenění NIH, které udělilo grant společnosti TGen a z následné instalace systému SGI Altix", uvedl Tom Mountacastle, President James River Technical. "Genotypologie je pro JRT a SGI strategickým zaměřením a systém SGI Altix 4700 je ideální pro použítí ke správě a zpracování velkého objemu dat a pracovního toku. Jsme rádi, že systém splnil očekávání TGen-u a jsme pyšní, že jsme součástí podpůrné infrastruktury, a tak můžeme pomoci usnadnit tento velmi důležitý výzkum, který ovlivňuje život nás všech."

"Využití SGI technologie společností TGen je dalším příkladem schopnosti SGI dodat řešení pro náročné výpočty a intenzivní datový tok používaný v biologii," dodal Deepak Thakkar, segmentový manažer pro biologii společnosti SGI. "Škálovatelnost, flexibilita a spolehlivost systému Altix je propojena s interoperabilitou, poskytuje nejlepší kombinaci výpočetních, paměťových a vstupních a výstupních prvků a splňuje rozmanité potřeby laboratorního prostředí společnosti TGen."

SGI - Innovation for Results™
SGI (NASDAQ: SGIC) dodává kompletní nabídku vysoce výkonných serverových a paměťových řešení spolu s pokrokovými profesionálními službami a podporou, které umožňují zákazníkům překonat výzvy komplexních intenzivních datových procesů a zrychlit objevy, inovace a informační přeměny. Společnost SGI pomáhá zákazníkům vyřešit jejich problémy v oblasti výpočetní techniky, ať se to týká zlepšení kvality života v oblasti výzkumu léků, designu a výroby bezpečnějších a výkonnějších automobilů a letadel, studia globálního klimatu, poskytování technologií pro obranu a bezpečnost státu nebo pomoc podnikům zvládnout obrovský nápor dat. Společnost SGI s centrálou v kalifornském Mountain View má kanceláře po celém světě a její webové stránky jsou www.sgi.com.

© 2007 SGI. Všechna práva vyhrazena. SGI, logo SGI a znak SGI ve tvaru krychle jsou registrované ochranné známky SGI ve Spojených státech a/nebo na celém světě. Všechny ostatní ochranné známky uvedené v tomto prohlášení jsou majetkem příslušných majitelů.

Tato tisková zpráva obsahuje výhledová prohlášení týkající se technologií SGI a technologií třetích stran, jež podléhají určitým rizikům a nejistotám, kvůli nimž se mohou skutečné výsledky podstatně lišit od předpokládaných výsledků uvedených v těchto prohlášeních. Čtenář by se proto neměl přehnaně spoléhat na tato prohlášení, která nemohou zaručit budoucí ani současný vývoj. K těmto rizikům a nejistotám patří dlouhodobé programové závazky, plnění třetích stran, výkonnost současných i budoucích produktů, finanční rizika, schopnost integrace a podpory komplexního technologického řešení zahrnujícího více poskytovatelů a uživatelů, jakož i další rizika, která bývají detailně uváděna v nejnovějších zprávách SEC, Komise na kontrolu cenných papírů v USA.